Я не могу найти виртуальную коробку в своей тире после ее установки через синаптический

Если вы находитесь на сервере без GUI, вот пакет, который по умолчанию будет архивировать и повернуть все ваши базы данных MySQL.

sudo apt-get install automysqlbackup

Вот и все. Конфигурация по умолчанию является разумной, поэтому вы закончили, если вам не требуется что-то особенное. Резервные файлы будут помещены в /var/lib/automysqlbackup, которые вы должны rsync где-то вне сайта.