У меня была аналогичная проблема, хотя я считаю, что мой был вызван связыванием приложения с файловым типом в Firefox. Запуск команды mimeopen -d ~/Desktop/ не сработал, но эта команда сделала:
exo-preferred-applications -c
В появившемся окне измените свой файловый менеджер по умолчанию на ваш обычный выбор.