Возможно ли управлять узлами без gui с отдельным узлом с графическим интерфейсом?

Нет опции -y для mkfs.ext3, которую вы можете проверить, прочитав ее страницу руководства (man mkfs.ext3). Однако существует программа под названием yes, которая специально предназначена для того, чтобы делать то, что вы хотите:

NAME
   yes - output a string repeatedly until killed

Итак, вы можете запустить:

 yes | mkfs.ext3  /dev/sdc

Однако несите помните, что вы пытаетесь создать файловую систему на всем устройстве, а не на одном разделе, и это, вероятно, не то, что вы хотите сделать. Сначала вы должны создать раздел на диске, а затем создать файловую систему на этом разделе.