Это не имеет значения - вы можете установить те же пакеты (например, apache2) на Ubuntu Server и Ubuntu Desktop.
Если вы начинаете с Ubuntu Desktop, вам нужно будет установить сервер а Ubuntu Server поставляется с предустановленными. Вероятно, вы также захотите удалить программное обеспечение, не требуемое для сервера.
Если вы начинаете с Ubuntu Server и нуждаетесь / хотите графический интерфейс (по умолчанию это просто командная строка) и настольные приложения, вы будете необходимо установить их.
Часто задаваемые вопросы по серверу Ubuntu