Попробуйте использовать sudo apt-get remove pkg. Замените pkg именем пакета, который вы хотите удалить, и он оставит только зависимости. Затем используйте sudo apt-get install pkg для повторной установки пакетов.
Если вы начинаете aptitude в своем gui (с ncurses), вы можете просматривать пакеты. Пока вы используете имя пакета, нажмите «Я» и просмотрите информацию в строке состояния. Хит I, пока вам не будет показано что-то вроде
i kubuntu-desktop Depends anacron
или
unable to find a reason to install <package-name>
Это aptitude why
Вот скриншот