ffmpeg был заменен в предыдущих выпусках программой avconv из проекта libav.
Для установки avconv вам необходимо установить пакет libav-tools:
sudo apt-get install libav-tools
] avconv очень похож на ffmpeg, но они также имеют некоторые различия в синтаксисе.
Edit: Кажется, Ubuntu 16.04LTS снова ffmpeg в своих репозиториях, поэтому libav- tools - это фиктивный пакет и создает только псевдоним avconv -> ffmpeg (и другие)