Команда
cp ~/test.txt ~/folder1 ~/folder2
пытается скопировать два файла (~/test.txt и ~/folder1) в пункт назначения folder2. (И если ~/folder2 существует и является каталогом, у вас будет предупреждение «omitting directory»).
Если вы хотите сделать несколько копий файла test.txt, вам нужно использовать цикл или несколько команд ...
for i in ~/folder1 ~/folder2; do cp ~/test.txt $i; done
(... и будьте осторожны, если в именах файлов есть пробелы, вам нужно указать).
Чтобы скопировать целые каталоги, вы должны использовать опцию -r:
for i in ~/folder1 ~/folder2; do cp -r ~/folder3 $i; done
это создаст ~/folder1/folder3 и ~/folder2/folder3 со всеми включенными файлами.