Gconf изначально (и до сих пор) является технологией GNOME, но это не мешает другим приложениям использовать его. Вероятно, однако, разработчики Lubuntu решили не зависеть от gconf для своих конфигураций (я пока не нашел их для этого).
Это, однако, не означает, что только приложения GNOME используют gconf. Например, Avant Window Navigator использует его (возможно, я полагаю), хотя он может работать на любом (и не является специфичным для GNOME).
Проблема заключалась в файле с именем -index.php в папке, поэтому chown интерпретировал его как параметр командной строки.
В решении использовались двойные дефисы chown -R myuser:mygroup -- *