Как выполнять операции с файлами в Ubuntu в Windows с помощью проводника?

for повторяет слова, слова разделяются пробелами. Вы не должны перебирать вывод ls, вы должны использовать * .*:

for file in * .* ; do
    if [[ $file = . || $file = .. ]] ; then
        continue
    fi
    # ...
done