Просто дикая догадка, но может ли это произойти после того, как вы переключились на виртуальный рабочий стол с помощью Aptana / Eclipse? Я обнаружил, что если у меня есть Aptana Studio, работающая на одном рабочем столе, переключитесь на другой и вернитесь к первому, иногда Aptana не вернет (клавиатурный) фокус обратно должным образом. До сих пор я не испытывал проблемы в Eclipse, но я предполагаю, что это может произойти и там. Щелчок на строке заголовков окон или быстрое увеличение и восстановление окна должны вернуть его в фокус и позволить вам снова редактировать открытые файлы.