Для меня проблема заключалась в отсутствии строки Icon= (что кажется глупым требованием для рабочего запуска). Мой полный файл .desktop теперь выглядит так:
[Desktop Entry]
Name=LiClipse
Comment=Variant of Eclipse
Exec=/home/tsbertalan/bin/liclipse
Terminal=true
Type=Application
Icon=/home/tsbertalan/usr/liclipse/icon.xpm
Это не особенно удобно для изменений в пользователе, но что угодно.