Как можно изменить размеры значков на рабочем столе (не в пределах nautilus) с помощью меню правой кнопки мыши: «Изменить размер значка ..», поэтому где размер, сохраненный для этого определенного файла.
Значки действительно не имеют размера, все они являются SVG, которые являются бесконечными по размеру.
Размер, который nautilus использует для отображения его внутри себя, хранится в скрытой папке Nautilus на вашем $ HOME ( в .config / nautilus, но это может отличаться в более новых версиях)