Вы можете изменить параметры раскладки клавиатуры GNOME в System -> Preferences -> Keyboard.
Вы можете редактировать привязки клавиш в System -> Preferences -> Keyboard Shortcuts.
Они могут не имеют такой же гибкости, как и xmodmap, но должны работать нормально даже после экрана заставки / блокировки.