Если вы используете XFCE4 (например, Xubuntu):
Перейдите в Диспетчер настроек> Доступность> Мышь Снимите флажок «Использовать эмуляцию мыши»; если он уже не установлен, сначала проверьте его, а затем снимите его (я полагаю, по какой-то причине, GUI не знает, что Numpad имитирует мышь)