В вашей копии avconv отсутствует кодер libvo_aacenc, который вы можете восстановить, просто установив дополнительный пакет libavcodec:
sudo apt-get install libavcodec-extra-54
Это должно позволить WinFF снова конвертировать в aac!
[d3 ] Имейте в виду, что лучший кодек aac - libfdk-aac, но я считаю, что это недоступно в 14.04 avconv / libav-tools ...