Как сделать окна прозрачными по умолчанию

У меня была аналогичная проблема: после отключения или отключения внешнего монитора изображение мерцало, и я ничего не мог сделать.

Я отключил сжатие текстур в CompizConfig Settings Manager / OpenGL, и он исправил мою проблему. Возможно, это тоже исправит вас.