Нет простого способа сделать это, поскольку он жестко закодирован. Но обходным путем было бы редактирование изображений, которые образуют «плитку», как вы ее называете, и изменять их для прозрачных (пустых) изображений.
Вы можете найти их в:
/usr/share/unity/icons/
[d2 ] Там вы увидите кучу изображений, когда значок будет нормальным, нажат, подсвечен и т. д. Отредактируйте их с помощью gimp, например, и замените оригиналы. Конечно, сначала создайте резервные копии.