Вирусы, работающие в Linux, редки, но они существуют. Я бы рекомендовал сканировать том USB с помощью ClamTk (он называется «Virus Scanner» в Software Center). Это поможет вам идентифицировать вирус, который может быть полезной информацией. Вы можете рассмотреть возможность повторного сканирования тома после его форматирования. Это, наверное, слишком много, но это не займет много времени.