Ответ augustin работал для меня, когда все мои виртуальные хосты исчезли после обновления сервера с 12.04 LTS до 14.04 LTS.
Следующая команда добавит суффикс .conf ко всем символическим ссылкам в /etc/apache2/sites-enabled, которые еще не имеют его:
[ f1]
Кроме того, произошел переход от использования синтаксиса Allow from / Deny from к Require в модуле answer (здесь ссылка для документации 2.2).
Следующая команда отредактирует общее использование Order allow, deny, а затем Allow from all вместо Require all granted:
perl -0777 -pi.bak -e 's/Order\s+allow\s*,\s*deny\s*\n\s*Allow\s+from\s+all/Require all granted/sg' /etc/apache2/sites-available/*