Не полезно или необходимо загружать файлы флагов Clojure, поскольку они будут загружаться по требованию leiningen.
Чтобы получить leiningen, легче получить скрипт lein с сайта leiningen. Это также поможет вам получить обновленную версию Leiningen.
Вы также можете посмотреть в системных настройках> управление сеансом и изменить параметры сохранения и восстановления сеанса там.