преобразованный комментарий для ответа
Аналогичная проблема была обнаружена в ubuntuforums.
В этом случае было сообщено о Kubuntu - поэтому наблюдение, что вы переключились на LXDE, возможно, не является ключевой вопрос здесь.
Решено было переименовать файл ~/.kde/share/config/kilerc.
Этот файл будет восстановлен при следующем запуске Kile.
Это приведет к утере ваших настроек настройки, но сохраненные пользовательские ярлыки сохраняются.