Ссылка
Здесь я публикую вам статью, в которой объясняется, как включить Skype в белый список системных лотков Unity.
У меня Ubuntu 12.04, это сработало для меня! [!d4 ]
Ссылка
В принципе, откройте новый терминал и выполните следующее:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier', 'Skype']"
, а затем перезапустите Skype.