В моем случае все, что мне нужно было сделать, это внести некоторые изменения в my.cnf и просто удалить 2 файла журнала с именами ib_logfile0 и ib_logfile1 и запустить mysql
service mysql start
Нет необходимости переустановите mysql, просто удалите эти 2 файла журнала и перезапустите сервер mysql
Ниже изменений, внесенных мной в my.cnf:
max_connections = 1000
max_allowed_packet = 1024M
wait_timeout = 7200
www-data является пользователем, который веб-серверы на Ubuntu (например, Apache, nginx) используют по умолчанию для нормальной работы. Процесс веб-сервера может обращаться к любому файлу, доступ к которому имеет доступ www-data. Это не имеет никакого значения.
Из документации base-passwd (/usr/share/doc/base-passwd/users-and-groups.txt.gz):
www-data
Some web servers run as www-data. Web content should not be owned by this
user, or a compromised web server would be able to rewrite a web site. Data
written out by web servers will be owned by www-data.