Насколько я знаю, в меню отображаются только приложения с файлами .desktop. Вы можете посмотреть с файловым менеджером в /usr/share/applications.
Другие приложения могут быть запущены в терминале.
В большинстве случаев я полагаюсь на функцию автозаполнения терминала, угадайте первые две буквы команды / приложения и нажмите [tab]