Я только что установил HeidiSQL 9.4.0.5151, используя 32-разрядный установщик с Wine на моем Ubuntu 16.04. Значок был помещен прямо на мой рабочий стол. Я посмотрел и нашел следующее:
~/.local/share/applications/wine/Programs/HeidiSQL/HeidiSQL.desktop
Поэтому приведенный выше ответ, содержащий информацию о том, как это сделать, не требуется.
Двойной щелчок на значке рабочего стола HeidiSQL запускает HeidiSQL под Wine без проблем.