Вы можете использовать более продвинутую команду deluser:
sudo deluser --remove-home user
Вы также можете попробовать опцию --remove-all-files. Из man deluser:
By default, deluser will remove the user without removing the home
directory, the mail spool or any other files on the system owned by
the user. Removing the home directory and mail spool can be achieved
using the --remove-home option.
The --remove-all-files option removes all files on the system owned by
the user. Note that if you activate both options --remove-home will
have no effect because all files including the home directory and mail
spool are already covered by the --remove-all-files option.
Как и следовало ожидать, второй вариант может занять некоторое время.