Иконка Unity Launcher запускает старую версию программы, из которой она не была создана.

Небольшое добавление к решению:

sudo vi /usr/share/applications/skype.desktop

и добавьте вышеупомянутое дополнение (LD_PRELOAD=/usr/lib/i386-linux-gnu/libv4l/v4l1compat.so) к строке

Exec=env  PULSE_LATENCY_MSEC=60 skype %U

, чтобы эта строка была

Exec=env LD_PRELOAD=/usr/lib/i386-linux-gnu/libv4l/v4l1compat.so PULSE_LATENCY_MSEC=60 skype %U

После этого значок скайпа в доке также работает.