Сначала установите Windows, затем установите Linux.
Установка Linux может перезаписать загрузчик Windows в MBR (или может оставить его нетронутым, если вы этого хотите), а загрузчик Linux может загружать как окна, так и Linux.
Если вы хотите запустить скрипт с помощью python 2.7, вы можете сделать это
python2 myscript.py
Если вы хотите запустить скрипт с помощью python 3.5, вы можете использовать
python3 myscript.py
[d2 ] Подробнее об этом здесь: python 2 вместо python 3 как (временный) python по умолчанию?