Не называйте свой сценарий «pygments.py». Во-вторых, если вы сделали это и, следовательно, изменили имя скрипта, вы все равно можете получить ошибку импорта, вызванную скриптом python, скомпилированным байтом под названием «pygments.pyc», вам нужно будет изменить имя сценария и удалить старый байт-скомпилированный скрипт под названием «pygments.pyc»
пигменты упакованы в Ubuntu: http://packages.ubuntu.com/search?keywords=python-pygments
Я предлагаю вам использовать этот пакет вместо установки из исходного источника.