Невозможно ответить на ваш вопрос «да». В целом это будет работать, но ваша система может иметь всевозможные настройки и изменения, которые могут помешать вашему обновлению.
Имейте в виду: если ваши файлы важны для вас, вы уже делаете регулярную резервную копию, а также проверяете, можете ли вы восстановить эту резервную копию. Поэтому, если что-то пойдет не так, вы можете повторно установить и восстановить эту резервную копию.