Чтобы ответить на ваш вопрос: «Как я могу отслеживать, какие папки я могу читать / писать», обычно это делается в системах ubuntu и unix, используя команду find.
Например, вот сообщение на форумах unix и linux. Поиск файла в каталоге и все подкаталоги и удаление @ http://www.unix.com/shell-programming-and-scripting/255252- search-file-directory-all-subdirectory-delete.html, где флаг -ser для команды find используется для выполнения рутинной системы unix system admin.
Для получения дополнительной информации о команде find посетите этого человека ссылка на страницу для поиска: