Инструменты Samba должны иметь возможность делать остановку на машине Windows, если используемая вами учетная запись имеет права удаленного выключения:
net rpc shutdown -Uadministrator%password -f -C "Reason for shutdown" -S mymachine
net rpc shutdown -Uadministrator%password -f -C "because I can..." -I xx.yy.zz.aa
Есть некоторые другие вещи, которые вы можете сделать с этим, см. manpage команды net.
Но если вам нужен полный контроль над машиной Windows, лучшим выбором будет rdesktop. Учитывая, что у вас есть Pro версия Windows, которая не удерживает возможности удаленного подключения от вас. В этом случае вы можете альтернативно установить VNC-сервер на машине Windows и использовать его для подключения к рабочему столу.