.git папка содержит всю информацию, которая необходима для Вашего проекта в управлении версиями и всей информации о фиксациях, удаленный адрес репозитория и т.д. Все присутствуют в этой папке. Это также содержит журнал, который хранит Вашу историю фиксации так, чтобы можно было откатывать при необходимости.