Этот файл специально предназначен для настройки среды пользователя. Это не файл сценария, а скорее состоит из выражений присваивания, по одному на строку. Использование .pam_environment требует повторного входа в систему для инициализации переменных. Перезапуска только терминала недостаточно для использования переменных.