PyMOL - это кроссплатформенное, бесплатное программное обеспечение с молекулярной визуализацией с открытым исходным кодом, написанное на C, C ++ и Python и разработанное Schrödinger, LLC.
Используйте этот тег для вопросов, касающихся PyMOL, его установки (в этом случае тег установки программного обеспечения также может быть уместен), настройки и использования. Дополнительные ресурсы поддержки можно найти ниже в разделе Support этой вики-тега.
Установка
PyMOL можно установить в Ubuntu, запустив sudo apt-get install pymol, учитывая, что эта версия часто устарела (например, по состоянию на 16 мая 2015 г. доступна последняя версия PyMOL). 15.04 - 1.7.2.1, а последняя версия - 1.7.6). В качестве альтернативы последняя версия PyMOL может быть скомпилирована и установлена из исходного кода (инструкции обычно можно найти в файле INSTALL в каталоге исходного кода или здесь ). Если в этом процессе возникнут какие-либо проблемы, не стесняйтесь задавать здесь вопрос относительно его установки.
Использование
PyMOL может использоваться для различных целей, включая создание фильмов или изображений, изображающих трехмерную структуру макромолекул или малых молекул. Он также может быть использован для расчета электростатических взаимодействий между макромолекулой и ее лигандом с помощью плагина APBS .