В Ubuntu есть много качественных инструментов, позволяющих качественно транскодировать между различными контейнерами и разными кодеками. Ни в каком конкретном порядке нет:

Gui Transcoding Tools

• vlc
• WinFF
• Ручной тормоз
[ 114] Avidemux
• Arista

Инструменты командной строки

• avconv
• FFmpeg
[ 118] Менкодер