Используйте команду php5:
php5 /path/to/php/script
Это часть пакета php5-cli.
Команда php является частью php5 , поэтому он всегда указывает на что-то другое. В зависимости от версии PHP, в которой находится ваш скрипт, было бы лучше использовать версию.
Запуск PHP-скрипта так, как он вызывается веб-сервером, немного сложнее. Сервер устанавливает довольно много переменных, которые могут или не могут использоваться скриптом. Было бы гораздо проще запустить сам веб-сервер.