CCleaner - это приложение для Windows, даже если вы запускаете его с помощью Wine, это не имеет смысла делать это, потому что он удаляет файлы на основе их путей к файлам, которые совершенно разные для Ubuntu. Другие программы, запускаемые CCleaner, имеют схожие проблемы, и очистка реестра влияет только на настройки винила CCleaner.
Таким образом, CCleaner никоим образом не выгоден для Ubuntu.