Есть несколько способов настроить cron для запуска задания через 30 минут после запуска. Дженкинс делает это путем хэширования функции и, например, с помощью H/30 * * * *.
Некоторые идеи там:
Вы пытались использовать htop как root? Некоторые процессы могут быть невидимыми, я видел это особенно на Debian.
Вы пытались выйти из системы / войти в систему при возникновении проблемы? Может быть диспетчером окон или проблемой сеанса.
Если вход / вход не работает, вы можете попробовать перезапустить диспетчер сеансов. Я думаю, что это lightdm по умолчанию, поэтому sudo service lightdm restart должен это сделать.