Ubuntu MATE (панель Pantheon), минимизированные приложения закрываются

Запуск графического приложения по www-данным дает вам несколько проблем. То, что вы можете сделать, это добавить себя в группу www-data, так что вы сможете изменить все необходимые вам файлы:

sudo adduser $USER www-data

Примечание: возможно, вам нужно выйти из системы из сеанса, чтобы изменения вступили в силу.

Если после этой команды вы по-прежнему не можете изменить некоторые файлы, просто убедитесь, что у вас есть разрешение на запись:

sudo chown www-data:www-data /var/www/file
chmod g+w /var/www/file