Что на самом деле происходит при нажатии кнопки закрытия, зависит от программы.
В моем Ubuntu 14.04 оба Steam и Skype сведены к значку в трее и продолжают работать. Так что это скорее всего неправильная конфигурация этих приложений, а не ошибка Gtk + или Qt.