Появляется ли ваше приложение (отсутствует опция) на глобальной панели? - Я думаю, если да, то это белый список, и вы должны вытащить его из systray-whitelist = blacklisting ...;)
Поэтому, если приложение «appMissing» сопротивляется панели, ваш systray-whitelist (что-то вроде)
#~> gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
['appA', 'appB', 'appMissing']
, и вы должны сделать черный список «appMissing», выполнив
#~> gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['appA', 'appB']"