Существует очень подробное и всестороннее сообщение Николаса Бернаертса, чтобы изменить настройку нескольких мониторов с помощью xrandr и сделать изменения постоянными здесь.
Сообщение упоминает, что это для двойного монитора но он также может использоваться для настройки с тремя мониторами.