Вы не можете.
Скрипт ./configure создает Makefiles - рецепты, как сделать реальную программу.
Когда вы вызываете make, вы создаете фактическую программу, используя эти рецепты.
Фактическая программа - бинарный исполняемый файл, вероятно, будет отличаться от того, который установлен apt-get. Иногда эти различия небольшие, но иногда им могут потребоваться дополнительные зависимости и / или файлы конфигурации.
Даже если вы замените пакетный двоичный файл (/usr/bin/php5 или что-то еще) своим собственным и ничего не сломается, в следующий раз это обновление пакета php, ваш файл будет перезаписан apt-get без предупреждения, поэтому не делайте этого.
Что бы я сделал в вашей ситуации, это установить недавно скомпилированный php в каталог / usr / local - вместе с существующим php. Затем настройте apache, чтобы использовать ваш php, а не тот, который предоставлен диспетчером пакетов.
Как только вы это сделаете, убедитесь, что вы подписаны на список безопасности PHP и как можно скорее примените любые исправления безопасности. В противном случае ваш сервер будет подвергнут воздействию хакеров.