У меня очень похожая проблема с программным обеспечением на Ubuntu 15.10. (CodeBlocks получает влияние аналогичным образом.) Поскольку полосы прокрутки были изменены в этой версии, ответ Нина заставил меня задаться вопросом, была ли это проблема - это было.
Я думаю, что проблема в том, что есть взаимодействие между wxWidgets (набор инструментов графического интерфейса пользователя, на котором построены Filezilla и Codeblocks) и некоторые конфигурации прокрутки. Таким образом, на самом деле это гораздо более глубокая проблема, чем только одна версия Ubuntu или одного приложения.
Альтернативный способ отключения пользовательских полос прокрутки - установить unity-tweak-tool. Перейдите в «Прокрутка» и установите «Полосы прокрутки» в «Наследие».