У меня была эта проблема после установки Ubuntu 16.04 und Dropbox, больше ничего. Я понятия не имею, что Nautilus поставляется с Ubuntu, но поскольку это самый новый Ubuntu, я полагаю, это также самый новый Nautilus. Поэтому я не делал никаких обновлений для Nautilus, но только побежал
sudo reboot.
После перезагрузки компьютера снова появилось окно восстановления возобновления Nautilus, но теперь я смог закрыть его с помощью кнопки «Закрыть». С тех пор окно больше не появлялось.