Может быть, ваша установка grub повреждена. Я попытался бы переустановить grub2:
apt-get --reinstall install grub2
Если я могу добавить, не потребовалось бы, чтобы проверить целостность fs в рассматриваемом разделе.
fsck /dev/sdaX
Изменить : Вы загрузили раздел fsck / boot? В этом случае (отдельный / загрузочный раздел) правильной командой grub-install является grub-install --boot-directory=<mnt>/boot /dev/sda, где <mnt> является точкой монтирования вашего ранее смонтированного / загрузочного раздела.