mysql-workbench ищет переменную среды GNOME_KEYRING_CONTROL. Если вы используете компьютер только один, эта переменная должна иметь значение, подобное /run/user/1000/keyring-XXXXXX.
У меня была аналогичная проблема с пакетом mysql-workbench, загруженным с dev.mysql.com (потому что MariaDB и Ubuntu's mysql-workbench несовместим), а простой пользовательский ярлык со следующей командой запуска исправил проблему:
GNOME_KEYRING_CONTROL=$(ls -d /run/user/1000/keyring-*) /usr/bin/mysql-workbench