Это простое решение, прекратите использовать команды, которые нарушают вашу систему. autoremove и clean не должны нарушать работу системы, но если они это сделают, прекратите использовать их.
В любом случае вы не сэкономите много дискового пространства, если у вас возникнут проблемы с использованием большого диска, попробуйте удалить некоторые приложения вместо этого.