Удалить в корзину:
$ cd <the directory you want>
$ gvfs-trash !(*.pdf)
Или с помощью команды mv (но таким образом вы не можете восстановить ее из корзины, поскольку она не записывает информацию .trashinfo, поэтому это означает, что вы переместили свой файлы в пункт назначения, где он следующий).
mv !(*.pdf) ~/.local/share/Trash/files